14. Révélation [Growing Pains]  

Le professeur Xavier pense qu'il est trop tôt pour révéler au monde l'existence des mutants, mais les membres de la Confrérie voient les choses autrement…

15. Incontrôlable [Power Surge]

Les pouvoirs télépathiques de Jean se développent à grande vitesse et finissent par devenir incontrôlables et dangereux pour elle, mais aussi pour son entourage…

16. Changement de camp [Bada-Bing Bada-Boom]

Tabitha, une nouvelle élève de l'Institut, pose quelques problèmes de comportement. Par ailleurs, son propre père tente de la contraindre à commettre un larcin en s'aidant de ses pouvoirs…

17. Qui mène le jeu [Fun and Games]

Profitant de l'absence du professeur Xavier, les jeunes élèves organisent une fête à l'Institut. Risty et Arcade, un surdoué en informatique, infiltrent alors Cerebro…

18. Le Fauve de Bayville [Beast of Bayville]

Au lycée, le comportement du professeur McCoy devient de plus en plus étrange…

19. À la dérive [Adrift]

Scott passe des vacances à Hawaï auprès de son frère Alex. Malheureusement, une tempête s'abat sur l'île et les deux jeunes gens sont portés disparus…

20. Les Ailes de l'ange [On Angel's Wings]

En période de Noël, un homme ailé se fait remarquer par les médias. Scott et Malicia se rendent à New York pour le rencontrer…

21. Tempête africaine [African Storm]

Ororo a bien du mal à canaliser son neveu Evan qui ne fait plus rien, ni à l'école, ni aux entraînements. Parallèlement, un sorcier africain tente d'éloigner Tornade de l'Institut pour lui voler ses pouvoirs…

22. Virées nocturnes [Joyride]

Lance tente de changer de vie en intégrant l'Institut du Professeur Xavier…

23. Les Sirènes de Bayville [Walk on the Wild Side]

Vexées par l'attitude machiste de Scott, Jean et Amara se laissent prendre au jeu du Girl Power et, avec les autres jeunes mutantes, deviennent des justicières de la nuit…

24. Opération Renaissance [Operation : Rebirth]  

Nick Fury demande à Wolverine de contrecarrer les plans de Magneto qui veut s'emparer de l'Opération Renaissance. Cette dernière rappelle à Logan des souvenirs de la seconde guerre mondiale durant laquelle il s'est battu aux côtés d'un certain Captain America…

25. Le Manipulateur [Mindbender]  

Hypnotisée, Jean disparaît et se met à commettre des vols dans différents musées, bientôt suivie par d'autres pensionnaires de l'institut…

26. La Danse des ombres [Shadow Dance]  

Le Professeur Xavier et Forge tentent d'en savoir plus sur la dimension parallèle dans laquelle Diablo disparaît momentanément lors de chaque "téléportation"…

27. Retraite [Retreat]  

Le Fauve emmène quelques élèves en excursion dans la nature. Alors qu'il se promène seul dans la forêt, le professeur McCoy est confondu avec le Big Foot…

28. Le Facteur X [The HeX Factor]  

Mystique fait son retour à la Confrérie avec une nouvelle recrue aux terribles pouvoirs : Wanda, la sœur de Pietro !

29 & 30. Jours d'expiation [Day of Reckoning]  

Lors d'une course-poursuite avec Dents de Sabre, Wolverine disparaît, enlevé par un mouvement anti-mutants. Persuadé que Magneto est responsable, le professeur Xavier intensifie l'entraînement des X-Men et demande l'aide des mutants de la Confrérie. De son côté, Magneto s'est entouré de nouveaux aliés…