Dans Superman : La Série animée
Brainiac est une intelligence artificielle créée sur la planète Krypton dont le rôle est d'emmagasiner et protéger le savoir de celle-ci à tout prix. Lorsque Jor-El découvre que le cœur de Krypton subit de violentes réactions en chaine qui pourraient détruire la planète, Brainiac soutient l'hypothèse inverse devant le Conseil planétaire, bien que sachant ce monde perdu. L'ordinateur décide alors de télécharger sa mémoire dans un satellite pour sauvegarder le savoir et la culture de Krypton, quelques instants avant que celle-ci ne soit détruite. Plus tard, le satellite errant dans l'espace est récupéré par un vaisseau spatial dont Brainiac tue tous les occupants avant d'en prendre le contrôle et de disparaître dans les profondeurs du cosmos. Brainiac perpétue alors ce phénomène dans tout l'univers : il visite des centaines de mondes qu'il n'hésite pas à anéantir une fois leur culture enregistrée dans ses données.
Un jour, une transmission de Brainiac est interceptée par un satellite de la Lexcorp qui établie le contact avec l'intelligence artificielle et organise même une rencontre avec elle. Lex Luthor confie alors à Brainiac qu'un survivant de la planète Krypton s'est depuis installé sur Terre, lui révélant ainsi l'existence de Superman. Après avoir rencontré le Kryptonien qu'il identifie immédiatement comme étant Kal-El, fils de feu Jor-El, il propose à Superman de l'accompagner dans ses voyages pour l'aider à recueillir les données de nombreux autres mondes, en échange de quoi, Brainiac lui livrera l'orbe renfermant tout le savoir de Krypton.
Faisant croire à Luthor qu'il a l'intention de partager ses données, Brainiac connecte son vaisseau à l'unité centrale de la Lexcorp. Mais au lieu de transmettre ce qu'il a promis, le robot en profite pour prendre le contrôle de l'ensemble du réseau informatique de Luthor, ce qui lui donne accès à tous les systèmes de défense de la Terre. Lorsque Superman découvre que Brainiac détruit chaque planète dont il pille la culture, celui-ci refuse catégoriquement de s'associer à lui. Au cours de la bataille qui suit, le corps de Brainiac est détruit avec son vaisseau par des missiles de la Lexcorp, pendant que Superman parvient à fuir en emmenant précieusement avec lui l'orbe renfermant le savoir de Krypton.
Un an plus tard, une arme surpuissante de Lex Luthor est sabotée alors que celui-ci la présente à l'armée. En menant son enquête pour démasquer le responsable, il rencontre Brainiac dans un laboratoire au sous-sol de la Lexcorp. L'intelligence artificielle a en effet survécu en téléchargeant sa mémoire dans l'unité centrale de la Lexcorp quand celle-ci était connectée à son vaisseau. Brainiac oblige alors Luthor à lui fabriquer un nouveau corps, afin qu'il redevienne pleinement opérationnel. Mais Superman, aidé de la garde du corps de Lex, Mercy Graves, parvient à détruire ce nouveau corps après que Brainiac en ait pris possession.
Cependant, grâce à une association entre la Lexcorp et Wayne Enterprises, Brainiac put se sauvegarder dans le réseau informatique de cette dernière. Il parvient ensuite à contrôler l'esprit de Bruce Wayne en lui injectant des nanites, afin que ce dernier lui construise une fusée, de manière à ce que Brainiac puisse quitter la Terre. Mais, Superman, enquêtant sur la disparition de Bruce avec l'aide de Robin, parvient à détruire le vaisseau avec Brainiac à son bord.
Quelques temps plus tard, Brainiac revient sur Terre et s'allie avec Lex Luthor qui lui fabrique un nouveau corps après avoir essuyé un nouvel échec face à Superman. Ce dernier parvient en revanche à détruire Brainiac une fois de plus après un voyage dans la zone Fantôme.
Près d'un millénaire plus tard, en 2979, Brainiac décide de remonter le temps pour revenir à Smallville et éliminer Clark avant qu'il ne devienne Superman. Mais il est suivi par trois membres de la Légion des Super-Héros : Chameleon Boy, Cosmic Boy et Saturn Girl, qui, aidés par un jeune Clark Kent découvrant l'étendue de ses pouvoirs, parviennent à le téléporter à la surface du Soleil où le corps de Brainiac fond instantanément.
Dans La Ligue des Justiciers
Lorsque le vaisseau de Brainiac atterrit sur Apokolips, Darkseid demande l'aide de Superman et de la Ligue des Justiciers pour sauver sa planète de la destruction. Plutôt réticent au départ, Superman accepte finalement et combat Brainiac sur Apokolips. Le robot décide de s'enfuir dans l'espace, mais est immédiatement pris en chasse par Kal-El ainsi que des membres de la Ligue qui le suivent jusqu'à un astéroïde à son effigie.
Après s'être emparé de Superman, Darkseid fait son apparition au sein du satellite de Brainiac révélant que lui et la machine kryptonienne sont alliés depuis le début. Mais Brainiac est à son tour trahit par Darkseid qui prend le contrôle de l'intelligence artificielle dans le but de détruire la « cité des Dieux » sur New Genesis. Suite à l'inévitable combat, opposant Superman au perfide dictateur d'Apokolips, le corps de Brainiac est une nouvelle fois détruit dans l'explosion de son astéroïde.
Dans Static Choc
Brainiac profite d'une tempête solaire pour prendre le contrôle de la Tour de guet en se répandant, tel un virus, dans le système informatique du satellite. Après avoir envoyé la Ligue des Justiciers à l'autre bout de la galaxie grâce à un faux message de détresse, il tente de détruire Static, venu pour réactiver le générateur de la station, ainsi que Gear. Ce dernier parvient à éradiquer Brainiac du réseau du satellite grâce à l'équipement de son « Back Pack », sans savoir que l'intelligence artificielle s'était elle-même réfugiée dans celui-ci pour se sauvegarder.
De retour sur Terre, Brainiac prend alors le contrôle de Richie qui lui fabrique un nouveau corps, ainsi qu'un vaisseau spatial dans le but d'emmagasiner autant de données terrestres que possible. Finalement, Static et la Ligue des Justiciers parviennent à détruire Brainiac et à sauver Richie de l'emprise de la machine.
Dans La Nouvelle Ligue des Justiciers
Brainiac révèle qu'il sommeillait dans le corps de Lex Luthor depuis des années. En effet, l'intelligence artificielle a injecté une copie de son programme dans le corps de Lex quand il avait obligé ce dernier à lui fabriquer un nouveau corps, des années plus tôt. Obligé de partager le corps de Luthor, Brainiac se laisse convaincre par ce dernier de fusionner avec lui pour ne faire qu'un, grâce à la technologie du Cœur noir, et devenir Brainthor. Ils projettent alors ensemble de supprimer toute trace de vie afin de refaçonner l'univers à leur image. Après avoir défait six des membres fondateurs de la Ligue des Justiciers, Brainthor est finalement détruit par Flash qui sépare chaque particule de Brainiac du corps de Lex.
Par la suite, grâce à un fragment de Brainiac, Luthor, hanté par l'intelligence artificielle, tentera de fusionner à nouveau avec lui, mais sans succès. On ne sait si Brainiac réside toujours en Lex, et s'il pourra ainsi revenir une nouvelle fois par ce biais.
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