Il y a plusieurs différences entre ces deux situations.
Les sbires ne sont que des employés, qui ne font qu'"obéir aux ordres". On ne peut pas dire qu'ils méritent leur sort, même si objectivement personne ne mérite une fin tragique. Le justicier devrait ainsi avoir plus de scrupules à leur égard, par opposition à Walker qui avait de terribles projets. Par extension, ça me choque tout aussi peu de voir Batou décrocher un uppercut au Joker pour le faire tomber d'un train aérien à pleine vitesse et finir sa course dans une cheminée d'usine

Les sbires ne sont que de simples humains, avec la résistance qu'on leur connaît. Leurs chances de survie sont ainsi quasi-nulles, là où Walker est surhumain et seulement prisonnier d'une situation dont il se sortira forcément avec le temps (ce qui se confirmera dans la BD).
Voir un super-vilain pris dans une explosion ou un chute spectaculaire suscite bien rarement de l'émotion ("bof, tant qu'on ne retrouve pas le corps..."), là où on a instinctivement plus d'empathie pour les types lambda auxquels il arrive des choses pourtant moins impressionnantes (cf Sid L'Encornet dans L'Homme qui tua Batman ou Charlie dans Chantage à crédit).
Pour aller plus loin en restant carrément sur un seul et même personnage, je m'aperçois que j'ai bien plus de mal pour Matt Hagen quand les sbires de Daggett le bourrent de produit, que pour son alter-ego Gueule d'Argile quand il semble se décomposer dans la mer...
Enfin, le contexte. Ces sbires sont au mauvais endroit au mauvais moment, ils constituent un obstacle pour sauver la femme qu'il aime (on va pas se voiler la face hein). Un peu comme Griffe rouge qui est éjectée du Batwing sans ménagement dans l'urgence de la situation (des missiles à intercepter).
Il a laissé entendre dans Les Enfants de la nuit et Les Oubliés du Nouveau Monde qu'il pourrait bien perdre son sang-froid face à un certain type d'individus ou une certaine situation (et ça se confirme avec l'interrogatoire musclé dans la première partie de Feat of Clay).
Pour ce qui est de La Cité congelée, on est plus dans l'esprit "on ne peut pas sauver tout le monde" (cf aussi la fin de Heureux comme un poisson dans l'eau et Le Tombeau de la reine où il laisse le Joker et Ra's à leur sort*) et pour tout dire je ne suis même pas certain qu'il assiste à la scène, sans doute trop occupé qu'il est ailleurs à combattre, à sauver Robin ou à évacuer les civils (je devrais certes le revoir pour me rafraîchir la mémoire).
* ce qui contredit certes l'esprit "sauver toute vie à tout prix" du personnage tel qu'on a pu le voir dépeint dans d'autres continuités: je pense au final du long-métrage Hush où il refuse d'évacuer sans sauver son ennemi. Souvenons-nous aussi du final de Under the Red Hood où il est carrément prêt à prendre une balle pour son ennemi... Même dans BTAS il est généralement bel et bien du genre à tendre la main, que ce soit pour Kyodaï Ken ou plus littéralement pour Ra's al Ghul, et c'est d'ailleurs ce trait qui définira finalement le destin d'HARDAC dans Une âme de silicone ("J'ai pris une vie" => allez hop, suicide!).